La Basilique du Saint Christ de Bonanza fut la première église de Pasai Donibane, au XIVe siècle, et elle fut dédiée au culte de Saint Jean de la Ribera. Lors de sa reconstruction, elle fut dédiée à Sainte Isabelle, jusqu'à ce qu'elle fut entièrement détruite par un incendie. À cette époque, elle était surtout utilisée pour le service religieux de la garnison du Château de Santa Isabel. A sa place, on édifia en 1738 l'actuelle Basilique du Saint Christ de Bonanza, financée par des dons de tous les habitants du lieu et même de ceux résidant à l'étranger (Pérou, Manila, Venezuela, etc.). Un détail curieux est celui des chaloupes de pêche à la dorade, qui lui destinaient une partie de leur pêche.
Capitaines et équipages organisaient des collectes pour son entretien et offraient des messes pour le départ et l'arrivée des navires, comme action de grâce de la part de leurs hommes pour une navigation aventureuse ou pour invoquer la protection du Saint Christ pour le voyage.
L'église comprend une seule nef de plan rectangulaire, avec à ses pieds deux chœurs échelonnés au magnifique tracé. Sur le second, une grande fenêtre circulaire déverse sa lumière sur le temple, avec quatre autres fenêtres latérales, en plus de celle de la Sacristie. Une somptueuse grille couvre toute la largeur et la hauteur de l'arc qui soutient le premier chœur et rappelle celle qu'on peut voir dans la Basilique du Saint Christ de Lezo. C'est l'œuvre de Matías Lozano, de Hondarribia-Fontarabie. L'Église se compose de quatre travées séparées par des pilastres en forme de caisses superposées sur un pilastre plus large et une section de colonne, où reposent les arcs transversaux, les grands arcs et les croisées des voûtes. Cette courbe a pour fonction d'adoucir les arêtes. Longitudinalement, la plus grande travée est celle du Chœur, puis le transept, qui se ferme avec une voûte avec pendentifs, décorée d'une fine moulure et d'une clef avec le blason d'armes de Pasai Donibane. L'arête, les nervures et la clef des voûtes sont élaborées en pierre, transportée à l'église par mer.
Le portail principal n'a d'intérêt que pour le petit appendice ou petit clocher en pierre qui, de plan carré, s'élève sur l'un des côtés, avec ses ouvertures et garde-corps en pierre, couronné d'un joli chapiteau ou flèche avec acrotère et boule. Les escaliers en colimaçon qui y montent depuis l'intérieur sont aussi en pierre et servent à accéder au chœur; ils sont éclairés par cinq petites fenêtres de la taille de meurtrières. Le temple est revêtu de pierre sur ses angles et sur sa corniche et s'élève sur un petit soubassement du même matériau; sa toiture est à quatre versants. À remarquer le magnifique travail de creux et de saillies des bases et des chapiteaux, l'excellente construction des voûtes et la finesse de mouluration, des détails qui mettent en évidence une main d'œuvre qualifiée, même si le passage du temps, l'abandon du culte et son utilisation comme entrepôt de traînières lui ont fait perdre une bonne partie de sa dignité.
Sur la façade ouest du Temple, il existe une porte dénommée "Lintxua". Elle était utilisée comme refuge les jours de mauvais temps, lorsqu'on attendait les bateaux de pêche ou les navires marchands. Elle présente une série d'incisions ou de tailles représentant différents types d'embarcations, dont les silhouettes sont pour la plupart du XVIIIe siècle et quelques-unes du XIXe.
Le retable du grand autel est d'un baroque discret. Au centre de l'autel, on remarque le Saint Christ de Bonanza, dont la chevelure rubiconde révèle l'origine anglaise. C'est probablement une œuvre de Jerónimo Larrea (XVIIe siècle). Les statues latérales représentent le Nazaréen et la Flagellation. On distingue deux anges polychromés en attitude de voler sur les deux côtés de l'arc du presbytère.
Comme à tant d'autres occasions, la légende s'est appropriée de la statue sacrée. Depuis des temps assez reculés, les gens de cette localité reçoivent la tradition selon laquelle des pêcheurs trouvèrent ce Christ flottant sur les eaux de la mer. Avec la foi qui caractérisait alors nos concitoyens, ils l'emportèrent et l'installèrent dans cette église de Bonanza. On lui rendit dès lors un culte auquel participaient non seulement les habitants de Pasai Donibane (San Juan) mais aussi les équipages des navires marchands, de guerre et de corsaires, qui offraient des messes et faisaient des dons en l'honneur du Saint Christ.