L'Église Paroissiale de San Juan Bautista est située sur une petite colline du centre ville de la commune de Lezo.
Pendant de nombreuses années, l'Église Paroissiale de San Juan appartint aux communes de Pasai Donibane (San Juan) et de Lezo. Lorsque les habitants de Pasaia reçurent l'autorisation de former leur propre paroisse, vers la moitié du XVIe siècle, ils voulurent aussi construire leur temple, mais ils n'avaient pas assez d'argent et les travaux définitifs ne commencèrent qu'au début du XVIIe.
Les travaux de l'Église débutèrent par le flanc nord, où s'ouvrent deux chapelles à arcs légèrement brisés. Et conformément au protocole d'accord, la partie sud présente aussi deux chapelles dont l'une, fermée par un arc en plein cintre, sert d'entrée au temple. Nous ne pouvons pas dire si la porte fut construite suivant le modèle proposé -celui de l'Église d'Usurbil-, car celle-ci n'existe plus aujourd'hui; celle de Lezo est une «petite chapelle» à voûte en croisée d'ogives, très simple.
L'église est spacieuse, à une seule nef. Aux grands contreforts extérieurs correspondent à l'intérieur des pilastres prismatiques à base triangulaire, résultat de la fusion de baguettes qui soutiennent les différentes nervures de la voûte; celle-ci est surmontée de sa croisée typique du XVIe siècle avec des nervures ondulées et des clefs pendantes. Certaines croisées présentent des décorations particulières, un cas unique dans la province de Gipuzkoa.
L'Église est constituée de quatre parties, dont une est occupée par le presbytère auquel on accède par un bel escalier. Le retable du grand autel est composé de quatre étages et couronné d'un calvaire.
À l'extérieur, l'édifice conserve des caractères gothiques sur ses gargouilles et son portail ouest, où au-dessus d'une porte plus moderne on peut observer les bases du plus ancien arc en plein cintre. Au-dessus du portail s'ouvre une splendide baie gothique à deux meneaux, décorée de motifs géométriques. Au-dessus de la fenêtre du côté sud, dépourvue de décorations et de meneaux, on observe une moulure en arc à double courbure, couronnée d'une palmette. Une moulure à base de boules sert d'ornement à une partie de la façade sud.
Les contreforts extérieurs prononcés au niveau de l'abside donnent à l'Église l'aspect d'une grande forteresse.