Elizaren ikuspuntutik, Pasai Donibane urte askotan Hondarribiako artzapez-barruti txikiaren barruan egon zen, eta Hondarribiakoa, berriz, Baionako apezpiku-hiriaren barruan. XVI. mendean Pasai Donibanek 240 bizilagun zituen; Lezok, berriz, 85 besterik ez. Gainera, itsas bizitza biziagoa zen Pasai Donibanen, eta herritarrak arrantzan, merkataritzan eta itsasontzien eraikuntzan aritzen ziren. Hala eta guztiz ere, parrokiaren ikuspegitik Pasai Donibane Lezoko parrokiaren barruan zegoen. Bizilagunek asko eztabaidatu ondoren, Paulo III.a Aita Santuak, 1545eko ekainaren 2ko buldaren bidez, San Joan Bataiatzailearen parrokia sortu zuen Pasai Donibaneko kontseiluan. Hala lortu zuen Lezoko parrokiatik independizatzea.
San Joan Bataiatzailearen parrokia-elizak nabe bakarra du, gurutze latindarraren formakoa. Oso handia da eta Miguel Berdarrainek eta Simon de Pedrosak eraiki zuten harri landuz. XVII. mendearen lehenengo herenean hasi ziren eraikitzen eta 1643. urtean kulturako ireki zen. Hala adierazten du San Carlos de Borromeoren koadroak bere oinean. Koadroa Fray Serranok zaharberritu zuen 1880an. Gaur egun, San Roqueren aldarearen eskuinaldean dago. Horretaz gain, 1700. urtean, egurrezko ganga gotikoak jarri ziren zaharren ordez.
Kanpoko fatxada estilo herreratarrekoa da. Estilo garbia, matematikoa, soila eta monumentala du eta bere arketipoa Escorialeko San Lorenzo Monasterioa da. Goian, berriz, kanpai-horma bat du. Ateburuan, bi zutabe dorikoen gainean, horma-hobi bat dago, harrizkoa, eta barruan, San Joan Bataiatzailearen irudia. Frantziako Juan de Lane eskultoreak egin zuen, dirudienez, 1731ean. Fatxada arku batek inguratzen du, eta are gehiago azpimarratzen du. Barruko nabearen iragarpena da. Erdian, zirkulu-formako leihatea dago eta elizaren barrura argi bizia igarotzen da.
Barrura gurutzearen oinetatik sartuko gara eta koroari eusten dion arku karpanela zeharkatuko dugu. Kulturako inauguratu zenean, elizak erdian Kristo Sainduaren aldarea besterik ez zuen. Gainera, bi albo zeuden: Rosariorena eta, parean, San Sebastianena. Ondoren, San Sebastianen ordez San Roke jarri zuten. Eliza honen elementu artistikoa aldare nagusiko erretaula da. Sebastian de Lekuona (Oiartzun) Gipuzkoako maisuaren lana da, 1708 ingurukoa. Arreta berezia merezi dute erretaulako irudiek eta koadroek. Erdian, San Joan Bataiatzailearen irudia gailentzen da, Felipe Arizmendik (Donostia) egina. Bereak dira San Pedro eta San Pabloren eskulturak ere, eskultura nagusiaren alboetan daudenak, hain zuzen. Biak ala biak, salomondar zutabe ederren artean sartuta daude. Begirada pixka bat altxatuz gero, erdian koadro bat ikus daiteke: Amabirjinaren Agerkundea adierazten du. A. Cuadra Bilboko margolariaren lana da. Erretaula nagusiaren alde batera eta bestera begiratuz gero, berriz, bi koadro ikusiko ditugu, obalatuak biak: batetik, Jesusen bataioa eta, bestetik, San Joan Bataiatzailearen lepomoztea. Biak Ugartek egin zituen 1791n.
Ekisaindua geroago eraiki zen eta Lekuonaren lana da. Neoklasiko barrokoaren trazadura ederra du. Gaur egun aberastuta dago, salomondar zutabeen baldakina erantsi baitzaio. Goiko kapiteletatik bolutak abiatzen dira, eta sabairaino doaz. Erdian, Espiritu Santuaren Uso sinbolikoa ageri da.
Aldarea Santiago de Zuazu Los Arcoseko artista nafarrak urreztatu zuen 1748an. Aldarea urreztatzeko, Alejo de Martiarena jaunak Buenos Airesetik 1.000 urre-liburu (bakoitza urrezko 100 orrikoa) ekartzeko eskatu zuen.
Alboetako aldareetan nabarmentzekoa da Rosario Ama Birjina. Irudi nagusiaren alboetan San Joakinen eta Santa Anaren bi irudi eder daude.
Santa Faustinaren argizarizko irudia mendeko lehenengo hamarkadetako dohaintza da, Zurla kardinalak Juan Manuel Ferrer jaunari egin ziona. Kondairaren arabera, Faustina lehenengo mendeetako erromatar noble baten alaba zen eta aitak berak lepoa moztu zion, kristaua zela eta fedea ukatzeko prest ez zegoela jakin zuenean. Haurraren lepoan ikus daitekeen ebaki odoltsuak lepo moztea ekartzen du gogora.
Horma euskarri batean harrizko buru bat dago. Eskulturak jatorri eta esanahi ezezaguna ditu eta bertakoek "Iriberriko maskaroia" esaten diote. Hala, eskultura horren esanahi zaharra eta misteriotsua azpimarratzen da, nahiz eta ez ezagutu. Dirudienez, bertan zegoen Iriberri etxe zaharrean izan zezakeen jatorria. Eliza ekialdeko fatxadaren aldetik inguratu eta mendi-mazelan zehar gorantz egiten duten eskailerak hartuta, bista ederrak izango ditugu. Victor Hugok "eskultura misteriotsua" dela zioen.