Madalena basilika bere sorreran Santiago bidea egiten zuten erromesen atsedenerako sortua izan zen. Basilikaren funtziotariko bat, Gipuzkoako hainbat bezalaxe, ospitale izatearena zen. Erdi Aroan bereziki, honek izugarrizko garrantzia izan zuen, San Lazaro izenez (lepra) ezaguna zen gaixotasuna pairatzen zutenen aterpea izan zen garai hartan, Lazareto edo leprosaria.
Denboran XVI. gizaldiaren erdialdean kokatzen da. Udalaren lurretan eraiki zuten, herriko harresi eremutik urrun, Pasaiako portura zeraman inguruko auzo batean. Dena den, herria hazten joan zen neurrian, hirigunearen parte bilakatu zen. XVII. mende hasieran ospitale lanak eta behartsuen aterpe izateari utzi eta etengabeko beherakada bati hasiera eman zion. 1886. urtean egungo itxura hartu zuen eta 120 urtetan aldaketa esanguratsurik ez zuen izan. XX. mendetik aurrera, berritze lanak egin zituzten bertan oso hondatuta zegoelako.
Bertara ez ziren Santiago bideko erromesak sendatzera soilik joaten. Dokumentatu ezberdinetan ikus daitekeenez, hauez gain, herri bertako eta inguruetako legendunak ere joaten ziren, baita Nafarroatik etorritakoak ere. Tradizioari jarraituz, gaixoek basilika-ospitalean ate batetik sartu eta osatutakoan beste batetik irten behar izaten zuten. Ondorengo garaietan, ahoko gaixotasuna edo afta zuten haurrak eramaten zituzten bere amek. Sendatzeko ez ezik, "santarengana" herritar ugari joaten ziren mota guztietako eskariak egitera. Ondorioz, beti egoten ziren kandelak piztuta.
Erdi aroan, Santiago bidea, Erroma eta Jerusalenekin batera, erromesaldi nagusienetakoa zen. Magdalenari sendatzeko ahalmena aitortzen zitzaio, Jesus hil eta emakume haren lehen asmoa horrela zigorturiko gorputza goxatu eta samina kentzearena izan bait zen. Asmo hauek eraman zuten Kristautasuna gertaera gorenaren lehen lekuko Magdalena galilearra izatera. Maria Madalenari agertu zitzaion Jesus berpiztua lehenik eta berak esan zien apostoluei Jesusen abentura ez zela amaitu, heriotzak ez zuela gurutzitzaturiko profetaren ahotsa isildu.