Desde el punto de vista eclesiástico, Pasai Donibane (San Juan) perteneció al arciprestazgo menor de Hondarribia durante largo tiempo, dependiente a su vez del Obispado de Bayona. Y a pesar de que en el siglo XVI existían en Pasai Donibane (San Juan) 240 vecinos y tan solo 85 en Lezo, y que la vida marinera, pescadora, comercial y de construcción de barcos era más intensa en la primera de dichas poblaciones, desde el punto de vista parroquial, Pasai Donibane (San Juan) pertenecía a la parroquia de Lezo. Los vecinos, después de muchas discusiones, lograron que el Papa Paulo III, por medio de su Bula del 2 de junio de 1545 creara la parroquia de San Juan Bautista en el entonces concejo de Pasai Donibane (San Juan). Así logró independizarse de la parroquia de Lezo.
La Iglesia Parroquial de San Juan Bautista es de una sola nave en forma de cruz latina, de notables proporciones. Fue construida por Miguel Beldarrain y Simón de Pedrosa, en piedra labrada. Se empezó a construir en el primer tercio del siglo XVII, y en 1643 se abrió al culto, según se expresa al pie del cuadro de San Carlos de Borromeo, restaurado en 1880 por Fray Serrano y que hoy se conserva a la derecha del altar de San Roque, aunque unas primitivas bóvedas de madera fueron sustituidas por otras de líneas góticas en 1700.
Su aspecto exterior está marcado por su severa fachada herreriana. Estilo depurado, matemático, austero y monumental, cuyo arquetipo es el Monasterio de San Lorenzo del Escorial, culminada por una espadaña. Sobre la puerta adintelada, sobre dos columnas dóricas, se inscribe una hornacina con una imagen de piedra de San Juan Bautista, obra del escultor francés Juan de Lane, ejecutada, al parecer, en 1731. Enmarcando la fachada aparece un arco que la remarca, anunciando la nave interior, y en cuyo centro se inscribe un ventanal circular que arroja una luz intensa sobre el interior del templo.
Penetramos en el interior por los pies de la cruz, y pasamos bajo el arco carpanel que sustenta al coro. Cuando se inauguró al culto, la iglesia sólo contaba con el altar del Santo Cristo, en el centro, y dos laterales, uno del Rosario y otro, enfrente, el de San Sebastián, sustituido posteriormente por el de San Roque. El elemento artístico más significativo de esta iglesia es el retablo del altar mayor, obra del gipuzkoano Sebastián de Lekuona (Oiartzun), que lo ejecutó hacia 1708. La imaginería y cuadros que aparecen en el retablo merecen especial atención. Presidiendo, en el centro, una bella imagen de San Juan Bautista, obra de Felipe Arizmendi (Donostia-San Sebastián). Suyas son también las tallas de San Pedro y San Pablo, erigidas en los laterales de la escultura central, encajadas entre bellas columnas salomónicas. Levantando un poco más la mirada, en el centro se puede apreciar un cuadro que representa la Visitación de Nuestra Señora, del pintor bilbaíno A. Cuadra. Vuelva ahora los ojos hacia uno y otro lado de este retablo central y podrá fijarse en los dos cuadros, de forma ovalada, que representan el Bautismo de Jesús y la Degollación de San Juan Bautista, que salieron del pincel de Ugarte en 1791.
El ostentorio es de construcción tardía, obra de Lekuona. Es de traza bellísima del neoclásico barroco, enriquecido actualmente con el aditamento de un baldaquino de columnas salomónicas, desde cuyos capiteles superiores arrancan unas volutas, que van a descansar sobre un techo en cuyo centro aparece la simbólica Paloma del Espíritu Santo.
El Altar está dorado por el artista navarro de Los Arcos, Santiago de Zuazu, en 1748. Para el dorado de dicho altar, Don Alejo de Martiarena encargó que se trajeran de Buenos Aires 1.000 libros de a 100 panes de oro cada uno. En los altares laterales llama la atención el de nuestra Señora del Rosario. A los lados de la imagen central destacan dos bellas imágenes de San Joaquín y Santa Ana.
La Imagen de cera de Santa Faustina es una donación que en los primeros decenios del siglo pasado hizo el Cardenal Zurla a D. Juan Manuel Ferrer. Corre la leyenda según la cual Faustina, hija de un noble romano de los primeros siglos fue degollada por su propio padre al enterarse de que era cristiana y se negaba a abjurar de su fe. El corte sangriento que se observa en el cuello de la niña recuerda esta degollación.
En la fachada de la Iglesia nos encontramos con una cabeza de piedra incrustada en el muro de contención que hay frente a la portada. Esta escultura, de origen y significado desconocido, se ha denominado por los habitantes del lugar “Mascarón de Iriberri “, resaltando un significado antiguo y misterioso, hoy desconocido, que podría situarse en una antigua casa de Iriberri que existió en este lugar. Esta iglesia se puede circunvalar, y ofrece interesantes vistas desde la escalera que trepa por la ladera desde su fachada oriental. Victor Hugo la alude como “la escultura misteriosa”.