Al parecer, el origen del nombre de este barrio se remonta al año 912, cuando Don Pedro de Bizkaia, uno de los capitanes de Sancho Abarca llegó a Pasai Donibane (San Juan).
En este barrio existieron astilleros y tuvieron su base marinera los barcos de la "Real Compañía Gipuzkoana de Caracas", fundada en 1728. Si los vascos, de los cuales muchos partieron de ese puerto, comerciaron intensamente con sus hierros fabricados en las ferrerías gipuzkoanas, con las lanas llegadas de Burgos y Aragón y vinos navarros llegados a puertos flamencos, franceses y otros de Europa, la "Real Compañía Guipuzkoana de Caracas" abrió en el País Vasco las rutas del comercio con América. Dicha compañía contó hasta con 20 barcos que tocaban los puertos de Caracas, Maracaibo y otros, y dejó de existir en este puerto en 1781. Nombres como los capitanes Otazu, Yanci, Salaberria, Gandarias y otros de Pasaia pertenecían a las listas de los nombres de dicha compañía.
Pocos años después nació la "Real Compañía de Filipinas" que, durante 30 años impulsó el comercio de los países asiáticos con Pasaia. También impulsó la fabricación de naves en los astilleros.
Cargas y descargas de mercancías, construcciones de las embarcaciones con sus carpinteros, calafateros, fabricantes de velas y jarcias, los marineros subidos a los barcos de las embarcaciones, los gritos de unas y de otras, la espera de los vecinos y comerciantes de los barcos que arribaban de los lejanos mares y las despedidas de las que partían, constituían una imagen cotidiana de lo que era Pasaia.
El barrio Bizkaia es un lugar abierto donde se levantaron pabellones de una gran industria pesquera desaparecida hace cortos años, y hoy convertido en un lugar para aparcamiento de automóviles. En este sitio se puede contemplar un bello edificio, considerado el más antiguo conservado en Pasai Donibane (San Juan), fabricado con ladrillos desnudos a los que llega el aire marino: la Casa Platain.