Tras el Acuerdo real de 1770, Pasaia gozó de Ayuntamiento propio con todos los derechos que como a tal le siguen correspondiendo. De esta manera se desembarazó de la larga tutela administrativa ejercida sobre ella por Hondarribia, dejando de ser conocida como "de la banda de Fuenterrabía" o "de Francia", tal y como se la conoció durante siglos, para ser considerada ya como Villa de Pasajes.
Más tarde, el 1 de Junio de 1805 Pasai San Pedro se incorporó a Pasai Donibane (San Juan), al igual que Antxo, a principios del siglo XX. De esta forma, los tres Pasaias, a los que se añade el barrio de Trintxerpe, constituyen un único Ayuntamiento con cuatro distritos. La administración y cabecera residen en Pasai Donibane (San Juan).
En el centro de la hilera de casas de la Plaza marinera de Santiago, en Pasai Donibane (San Juan), se encuentra la sede o edificio del antiguo Ayuntamiento, que data del año 1735, de estilo barroco. Es de entremedianería, de planta rectangular y con cubierta a dos aguas, con el caballete paralelo a la fachada. Es un tipo de construcción que no responde plenamente al de los edificios de los ayuntamientos vascos que ofrecen grandes arcos.
José de Lizardi y Juan Bautista de Inchaurrandiaga colaboraron juntos en la tasación de la cantería destinada a la obra del nuevo Ayuntamiento de Pasai Donibane (San Juan) cuya traza hay que atribuir también a José de Lizardi. No consta si es una construcción de nueva planta o una reconstrucción. No es un edificio exento, sino que está encajonado entre dos casas que dan a la plaza. Su fachada es un estrecho y elevado triángulo, de cuatro plantas, que por su aparejo de sillería se diferencia ostensiblemente de las casas que la flanquean. Sus amplias ventanas y balcones (el del tercer piso alcanza todo lo ancho del edificio) caracterizan este tipo de Ayuntamiento en contraste con otros diseñados por Lizardi.
La fachada es de piedra sillar. En la planta baja presenta una puerta central y dos ventanas enrejadas a los lados. Posee una entreplanta con huecos de extrañas proporciones. En la planta principal se puede ver el típico balcón corrido con barandillas de hierro forjado y apoyado en ménsulas de piedra. La última planta está presidida por el escudo de la villa, y a los lados del mismo unos balcones volados.