Se trata de un edificio renacentista del siglo XVI, exento, formado por la unión de dos partes diferenciadas, la Capilla y el Hospital, aunque ambas comparten la misma cubierta. La Capilla de planta rectangular presenta dos frentes visibles. Su aparejo es de sillar muy bien escuadrado formando muros de escasos huecos. La parte superior se remata en todo el perímetro con un piso de triglifos y metopas. Sobre el friso hay una cornisa moldurada encima de la cual reposa una cubierta sin alero. La fachada que se abre a la Plaza de la Iglesia presenta un eje de vanos compuesto por un acceso y una ventana en arcos de medio punto, sencillamente moldurados. Remata el eje una espadaña pétrea de un vano con su campana.
La fachada a la calle San Juan es asimétrica. Destaca una portada con acceso en arco de medio punto, flanqueada por dos columnas dóricas, con un entablamento de triglifos y metopas. Remata esta portada una imagen de San Juan inserta en un nicho coronado por un frontón y volutas a los lados. Sobre este conjunto observamos un escudo del siglo XVIII, bien conservado. En la parte derecha hay un acceso y dos ventanas con repisa y guardapolvos. En el interior, la planta cuadrada se cubre con bóveda de crucería bastante compleja, con los nervios pintados de rosa. Tanto los muros como la plementería de la bóveda de sillar aparecen blanqueados, y presenta accesos por todos los lados, excepción hecha de la cabecera. Además de los ya referidos en el lado del evangelio, hay uno adintelado y cegado.
En el frente vemos un retablo renacentista del siglo XVII, de madera policromada, atribuido, casi con certeza, a Jerónimo de Larrea, por la coherencia estilística que la estatua de San Sebastián tiene con el "Cristo doliente" de Azpeitia, al que se refiere Larrea en su testamento. Al parecer, este retablo debió ejecutarse a partir del año 1595. Es un retablo de estilo clásico, con la severidad propia de esa época. Consta de un banco, dos cuerpos y tres calles con nichos que albergan seis estatuas, más un ático para el Calvario flanqueado por dos figuras: el arcángel San Miguel y San Juan Evangelista. En el friso que separa los dos pisos hay relieves relativos al Entierro y Resurrección de Cristo. Los bultos representan, en su calle central, al titular San Juan Bautista y a la Virgen con el Niño; las otras son estatuas de santos. Hay también un Cristo crucificado, de corte gótico según Lekuona, procedente de la Ermita de Andrearriaga.
El edificio del Hospital es un edificio complejo adosado al edificio religioso. Consta de tres alturas con vanos recercados y esquinas de sillar más una planta de ático, resultado de la última remodelación. Ambos cuerpos se articulan mediante paño murario de ladrillo y miradores de madera. En la fachada trasera se ha adosado un enorme e impresionante escudo barroco con las armas de los solares de Zuloaga y Oiartzabal.