La Iglesia Parroquial de San Juan Bautista se sitúa sobre una pequeña colina existente en el centro urbano del municipio de Lezo.
Durante muchos años, la Iglesia Parroquial de San Juan correspondió a los municipios de Pasai Donibane (San Juan) y Lezo. En cuanto se concedió a los habitantes de Pasaia la autorización para formar una parroquia aparte, allá por mediados del siglo XVI, quisieron éstos construir su templo, pero les faltaba dinero, por lo que hasta principios del XVII no comenzarían definitivamente sus obras.
Las obras de la Iglesia empezaron por el lado norte. En éste se abren dos capillas con arcos ligeramente apuntados. Y conforme a la escritura de convenio, la parte sur presenta también dos capillas, una de las cuales, cerrada por arco de medio punto, sirve de entrada en el templo. No podemos decir si se construyó la puerta siguiendo el modelo que proponían -la de la Iglesia de Usurbil- , porque ésta no existe hoy; la de Lezo es una "capilleta" reducida con bóveda de crucería muy sencilla.
La Iglesia es amplia, de una sola nave. A los grandes contrafuertes exteriores, corresponden interiormente pilastrones prismáticos de base triangular, resultado de la fusión de los baquetones que sostienen los distintos nervios de la bóveda; ésta está cubierta de crucería propia del XVI con nervios ondulantes y claves pendientes. Algunas de las crucerías presentan ornamentación especial, único caso que observamos en Gipuzkoa.
Cuatro tramos tiene la Iglesia: sobre el primero se levanta el presbiterio, al que da acceso una hermosa escalinata. El retablo mayor tiene cuatro pisos de altura y está coronado por un calvario.
Exteriormente, el edificio conserva caracteres góticos en sus gárgolas y en la portada oeste, donde sobre puerta más moderna se pueden apreciar los arranques del arco apuntado más antiguo. Sobre la portada se abre un espléndido ventanal gótico, con tracería y dos maineles que dividen su luz. Sobre el ventanal del lado sur se observa una moldura en arco de doble inflexión, rematado por una palmeta; no hay tracería ni maineles. Una moldura formada por bolas sirve de decoración a una parte de la fachada sur.
Los pronunciados contrafuertes exteriores en el ábside dan a la Iglesia el aspecto de una gran fortaleza.